1958年5月5日，紅河州衛生學校籌備小組成立。

1958年9月，紅河衛校宣告成立，校址設在原蒙自專署公安處及原紅河州合作辦事處。

當年招收護士、醫士兩專業學生259人。

1958年10月26日，紅河衛校舉行開學典禮，27日正式上課。

1963年8月，紅河衛校搬到南湖邊校址。

1996年，被云南省人民政府批準為省部級重點中專。

2001年，被國家教育部批準為國家級重點中專。

2012年2月，云南省人民政府批準同意在紅河州衛生學校的基礎上組建紅河衛生職業學院，

同時撤銷紅河州衛生學校建制；2012年4月，教育部審批備案。

2012年5月9日，紅河衛生職業學院正式掛牌成立。

2012年7月，學院新校區建設項目動工，新校區校址在小新寨水庫旁。

2015年9月，紅河衛生職業學院整體搬遷至占地600余畝的新校區辦學。

2015年9月29日，《紅河衛生職業學院章程》通過省教育廳核準。

2015年12月，學院通過云南省教育廳人才培養工作合格評估。

2018年，學院內部質量保證體系（2016-2018）通過了省教育廳的復核。

章程明確每年的10月26日為紅河衛生職業學院校慶日。