北京農學院的前身河北省通縣農業學校，創建于1956年。

1958年，河北省通縣農業學校與北京市農業合作干部學校合并，更名為北京市農業學校。

1965年，北京市在北京市農業學校的基礎上建立半農半讀的北京農業勞動大學。

1978年，經國務院批準更名為北京農學院。學校現占地面積約1000畝，包括校本部、東校區、北校區、大學科技園市場。另外，學校建有千畝大學科技園農場、萬畝大學科技園林場。學校先后被授予北京市花園式單位、北京市文明校園、首都文明單位標兵、全國文明單位等稱號。