學校有1個國家級人文社會科學重點研究基地；1個國家理科基礎科學研究和教學人才培養基地（數學與應用數學專業）； 3個國家省部共建重點實驗室；6個自治區級重點實驗室。
新疆生物資源基因工程科技部省部共建國家重點實驗室培育基地
綠洲生態教育部省部共建重點實驗室
清潔能源材料于技術教育部省部共建重點實驗室
新疆石油天然氣精細化工教育部省部共建重點實驗室
新疆多語種信息技術自治區級重點實驗室
新疆中亞造山帶大陸動力學與成礦預測自治區級重點實驗室
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