學院的前身是創建于上世紀50年代—70年代的阿克蘇地區農業學校、衛生學校、農業機械學校、文化藝術學校、財貿學校、體育運動學校六所中等專業學校，辦學50余年來，學院經歷了44年中等專業學校的艱苦創業，取得了輝煌的辦學成就，經過8年以來的并校合院建設歷程，學院的改革與發展都取得了長足的進步。學院是教育部等國家六部委指定的西北五省唯一的護理專業技能型緊缺人才示范性培養培訓基地、新疆第一職教園區特色林果業示范培訓中心，國家第六職業技能鑒定所。阿克蘇職業技術學院在上海市、河南省、浙江省對口支援的幾年中，學院的教育教學、行政管理、基本建設、在校生規模等各個方面都取得了驕人的成績，2008年以優秀成績通過教育部人才培養工作水平評估；2010年成功申報自治區示范性高職院校，躋身于先進高職院校行列。在新的發展階段，學院以中央新疆工作會議精神為契機，積極籌劃落實浙江省對口支援阿克蘇地區工作的目標、任務,把握機遇，推進學院實現跨越式發展。學院以創建自治區示范高職院校為目標，不斷探索新的人才培養模式改革，步入了一個科學發展、改革創新的新階段。