2004年11月，新政發（2004）161號文件批準四所學校（農墾中專、職工大學、商校、職業中專）合并成為石河子高等職業技術學院。

2005年5月25日，新疆生產建設兵團機構編制委員會辦公室下發《關于成立新疆石河子職業技術學院的通知》兵編辦發（2005）29號文件，新疆石河子職業技術學院在現石河子商業職工中等專業學校、石河子職業中等專業學校、石河子技工學校和石河子職業大學的基礎上合并成立，隸屬農八師石河子市，核定人員編制416名。

2013年3月7日，經農八師機構編制委員會、石河子市機構編制委員會師機編字（2013）1號批復：新疆石河子職業技術學院（石河子技師培訓學院、石河子市技工學校、石河子工業學校）機構編制方案，農八師中等職業教育中心更名為石河子工業學校，核定事業編制416名。

2023年11月14日，師市黨編辦發（2023）33號文件批準學院事業編制740名，其中非實名編制111名。學院處級領導職數7名（2正5副，含人武部部長），科級領導職數83名（42正41副），黨政管理機構10個，教學機構14個，教學輔助機構4個，群團組織2個，人民武裝部1個。