四川大學由原四川大學、原成都科技大學、原華西醫科大學三所全國重點大學經過兩次合并而成。

原四川大學起始于1896年四川總督鹿傳霖奉光緒特旨創辦的四川中西學堂，是西南地區最早的近代高等學校。

原成都科技大學是新中國院系調整時組建的第一批多科型工科院校。

原華西醫科大學源于1910年由西方基督教會組織在成都創辦的華西協合大學，是西南地區最早的西式大學和國內最早培養研究生的大學之一。

1994年，原四川大學和原成都科技大學合并為“四川聯合大學”。

1998年更名為四川大學，江澤民、李鵬等黨和國家領導人就兩校合并為學校題詞并寄予深切厚望。

2000年，四川大學與原華西醫科大學合并，組建了新的四川大學。李嵐清同志在考察新四川大學時說：“四川大學是我們改革最早的大學，對我國高校的改革做出了歷史性的貢獻，可以說是高校體制改革的先鋒。”在2008年“5.12”汶川特大地震抗震救災期間，吳邦國、溫家寶等多位黨和國家領導人先后到四川大學視察慰問。