第二軍醫大學與共和國同齡，創建于1949年9月，當時稱華東軍區人民醫學院，主要由華東醫務干部學校、第三野戰軍衛生部醫學院、國民黨原國防醫學院部分留大陸人員和從地方招聘的專家教授組成。1950年10月，更名為上海軍醫大學。1951年7月9日，由中央軍委正式命名為第二軍醫大學。建校58年來，全校同志發憤圖強，銳意進取，學校在困難中前進，在曲折中發展，取得了巨大建設成就。學校發展歷程大體可分為四個階段。
第一階段(1949年至1952年)是建校初期
我校校本部的校址是原國民黨國防醫學院的舊址，國民黨逃往臺灣時，除醫院留下一些設備外，國防醫學院基礎部分只剩下空房子，教學設備全部搬到臺灣去了。因此，當時建校十分困難。在上級黨委和領導的關懷和支持下，全校同志克服重重困難，艱苦奮斗，在極其簡陋的條件下，趕制了一些木制課桌椅，終于在1949年9月12日正式開學。顯微鏡是從市場上各個醫療器械商店買來的，有些還是舊的，數量也不夠，幾門課要共用。教材不完整，就從書店買一些舊的教材，自己動手油印一些，更多的是靠老師課堂講，學員記筆記。沒有有線廣播，用電鈴報作息時間。全校師生和醫護人員就是這樣，不畏艱難，情緒十分高漲，堅持邊教學醫療，邊建校建院，一所大學就這樣誕生了。
第二階段(1954年至1965年)是建設時期
在這一階段，全校同志在物質條件十分困難的情況下，齊心協力，奮發圖強，學校的基本建設逐步加強，辦學規模不斷擴大，教學、醫療和科研工作成效明顯，為學校的發展奠定了堅實基礎。一是規范了教學工作。1954年，在蘇聯專家幫助下，制定了軍醫和藥學專業新的教學計劃和大綱?，F在全軍醫學院校使用的教學計劃和大綱，都是在這個基礎上，逐步修訂而成的。二是完善了辦學體系。1955年創辦了衛勤系，1960年增設了海醫系，1961年開始承擔外軍醫學留學生培訓任務。三是形成了傳統特色和優勢。這個階段，我校在燒傷救治、肝臟外科、心臟外科等領域，取得了突破性成果，形成了學校傳統的學科優勢和特色——“燒、心、肝”。
第三階段（1966年夏至1976年秋）是文革時期
十年浩劫，使學校遭受了歷史上最嚴重的破壞。400余名干部、教師、醫生、護士受到迫害，504名干部被下放到寧夏賀蘭山“五?七”干校勞動改造。1969年10月，學校奉命搬遷到西安現第四軍醫大學校址，1975年8月，學校又奉命遷回上海。在這樣來回動蕩中，廣大教職員工根本無法安心工作，教學工作完全停止達4年，除個別國家重點研究課題外，科研工作停止了將近10年。醫療工作雖然沒有中斷，但由于人心渙散，人人自危，醫護質量顯著下降。代價沉痛，教訓深刻。
第四階段(1977年至今)是發展時期
粉碎“四人幫”以后，經過撥亂反正，學校全面貫徹黨的十一屆三中全會以來的路線、方針、政策，積極推進以教學為中心的各項改革，從指導思想到辦學實踐，從德育教育、知識傳授到能力培養，從學科建設、人才培養到科研創新，從師生的精神風貌到學校的辦學條件和內部管理，都發生了前所未有的巨大變化。特別是1997年躋身國家“211工程”重點建設院校以來，學校教、醫、研等各項工作得到了快速發展，去年并以優秀成績通過國家和總部組織的“十五”“２１１工程”驗收。
