福建農業職業技術學院系由創辦于1902年的福建省福州市農業學校和創辦于1979年的福建省農業學校于2003年2月合并組建而成。建校以來，多次易名，幾經變遷，沿續至今，已歷一百多個春秋，是我省第一所農業教育機構，也是全國最早創辦的農業教育機構之一。

1902年，閩浙總督許應骙在蠶桑棉總局舊址（福州水部門外耿王莊，今福州南公園）重辦農?？偩?，并附設浙股、粵股蠶務學堂。由福建布政使周蓮任該局總辦，侯補道員何成浩任會辦，會同陳寶琛、葉在琦、鄭錫光諸紳，計劃振興全省農桑事務。浙股蠶務學堂聘浙江蠶學館畢業生任教習，粵股蠶務學堂聘廣東專家當技術員。浙股蠶務學堂學制3年，前后畢業10余班學生，每班約30人。畢業生或是留任本堂教職員，或是派往各縣當勸業員。次年，基督教福州美以美會傳教士孟存慈在培元高小學校內創辦培元師范學校。

1905年，農?？偩峙蓭煼秾W堂學生陳耀西、邱中馨赴日本東京蠶業講習所留學。

1906年，浙股、粵股蠶務學堂改稱福建中等實業學堂，翌年改稱福建官立中等蠶業學堂，設蠶業本科班（學制3年）和蠶業別科班（學制2年），歸省提學司管轄。留日歸來的陳耀西任監督。

1912年，“蠶業學堂”改名為福建省立蠶業學校。1914年又改稱福建省立甲種蠶業學校，移址南門城邊街，并附設乙種女子蠶業學校。此前一年（1913年），福州公理會與美以美會合辦，將培元師范學校改名協和師范學校，移址于城內古仙橋。

1919年，美以美會辦的一所中學并入協和師范學校，改名福州協和師范中學校，遷倉前山施埔，高中分師范科、普通科，附設農林木場。

1927年，北伐軍入閩后成立的福建省教育改造委員會對福州原有的省立學校進行改造，分別合并。蠶校與創辦于1908年的福建省立甲種農業學校（創辦時為福州農事試驗場農業別科班）合并為福建省立第一高級中學第二分校。

一年后，為提倡、改進職業教育，省教育廳將省立第一高級中學第二分校改稱為福建省立福州農林中學。同年一月，福州協和師范中學校改名為福州私立協和中學，遷址福州西門外祭酒嶺，并開始兼設農林科。

1933年8月，按照教育部頒發的職業學校規程規定，省立福州農林中學校改稱福建省立福州高級農業職業學校（簡稱“高農”），遷址北門外崇福寺。私立協和中學因早就附設有農科，也按省令改辦職業學校稱福州私立協和職業學校（簡稱“協職”），專辦初、高級農科。

1936年，全省教育改革。“高農”并入長樂鶴上街的省立長樂初級農業職業學校，改稱福建省立長樂農業職業學校。1937年夏，又遷回福州北嶺與省農民師資訓練所聯合，當時名稱為“省農民師資訓練所、省立長樂農業職業學校、省長樂農場”三聯合機關。1938年，因抗戰形勢日緊，省立長樂農業職業學校隨省府遷往戰時省會——永安，奉令撤銷聯合機關，改校名為省立高級農業職業學校（簡稱“省立高農”），并奉令接收省立福安茶業職業學校及省立南平初級農業職業學校。

1939年，“省立高農”遷往連城文亨。這一年，“協職”遷往閩清六都。1941年4月福州淪陷，“協職”又遷往將樂（抗戰勝利后遷回祭酒嶺原址）。是年，“省立高農”在永安茅坪的新校舍落成，遷入后校名改為省立永安高級農業職業學校。1943年1月歸并省立農學院，為該院附屬高農?？箲饎倮笥?945年11月奉令獨立辦學，改稱福建省立福州高級農業職業學校。次年1月，奉令遷回福州北嶺原址，同年8月遷南港陳恕鄉，1948年2月因陳恕不宜辦學，又遷回北嶺舊址。

1951年8月1日省政府根據當年6月第一次全國中等技術教育會議提出的對中等技術教育采取“以調整、整頓為主，有條件發展”的方針，將福州私立協和職業學校與省立福州高級農業職業學校合并，校名福州農業技術學校，以“協職”所在地祭酒嶺為校址。

1953年秋，學校調整出森林科，與從龍巖、建陽二農校調整出的森林科合并成立福州林業學校（隸屬林業部，1956年該校遷南平改稱福建省林業學校，隸屬省林業廳）。

1954年，莆田農校部分教工和學生并入。1957年8月，建陽農校作栽一個班并入。

1958年8月因國防建設需要，學校遷址福州城門鄉東塔村重建校園，隸屬福建農學院而更名為福建農學院附屬農業學校。

1960年8月增設大專班，隸屬福建農科院，改稱福建農業科學院附屬?？茖W校，61年秋大專班并入福建農學院，則更名為福建農業科學院附屬農業學校，此時，龍溪農校牧醫一個班并入。這時，學校共設有5個專業，在校生1072人。

1962年秋，南平農校農機一個班及創辦于1960年9月的閩侯專區農校并入。1966年4月，學校改名為閩侯專區農業學校。

1966年“文化大革命”開始后，學校停止招生。1970年秋被迫停辦，教工下放農場干校“勞動鍛煉”，校舍、土地被占用，圖書、儀器、教學設備被“瓜分”精光，造成難以挽回的損失。

1975年秋農校復辦，校址設在福清琯口，按當時行政區劃改稱莆田地區農業學校。

1979年6月福建省農墾學校在邵武市原省“五七”干校舊址創辦。

1983年12月，隨地（莆田）市（福州）撤并，學校隸屬福州市，定名為福建省福州市農業學校。

1994年8月2日經省農業廳、省教委批準，決定將農墾學校遷至福州市倉山省農業干部學校內，實行兩校合并。實行一套班子、兩塊牌子、一校多制。合并后，隸屬關系不變，仍由省農業廳主管。

1997年4月福建省農墾學校更名為福建省農業學校。

2003年2月，經福建省人民政府批準，福建省農業學校和福州市農業學校合并組建福建農業職業技術學院，院址在原福州市農業學校校址。