教育部重點實驗室：

西南大學蠶學與系統生物學研究所

三峽庫區生態環境教育部重點實驗室??

家蠶基因組學重點實驗室??

認知與人格重點實驗室

農業部科研機構：??

蠶桑學重點實驗室???

生物技術與作物品質改良重點實驗室?

國家紫色土肥力與肥料效益監測基地??

國家果樹種質重慶柑桔圃????

國家柑桔苗木脫毒中心????

國家柑桔品種改良中心?????

農業部柑桔及菌木質量監督檢驗測試中心

農業環境保護研究室?????

農業化學研究室????

土地資源研究室????

土壤肥力研究室?

重慶市科研機構：

重慶市數字農業重點實驗室

智能軟件與軟件工程重慶高校市級重點實驗室????

牧草與草食家畜重點實驗室

蔬菜學重點實驗室

農業資源與環境研究重點實驗室????

重慶市農產品加工技術重點實驗室

重慶市植物病害生物學重點實驗室

“非線性光纖光學”重慶市重點實驗室

重慶市基礎心理學重點實驗室

三峽庫區植物生態與資源重點實驗室

水產科學重慶市市級重點實驗室?

重慶市現代分析化學重點實驗室?

應用化學重點實驗室?

昆蟲學及害蟲控制工程重點實驗室?

果樹學重點實驗室?

重慶市油菜工程技術研究中心??

重慶市智能儀表及控制裝備工程技術研究中心?

教育部文科基地：

西南大學西南民族教育與心理研究中心

重慶市文科基地：

西南大學三峽庫區經濟社會發展研究中心

西南大學心理學與社會管理研究中心

西南大學中國詩學研究中心/中國新詩研究所

西南大學馬克思主義理論與思想政治教育研究中心

西南大學農村經濟與管理研究中心