黑龍江農墾職業學院坐落于北國冰城哈爾濱，是經黑龍江省人民政府批準、國家教育部備案的公辦全日制綜合性高等職業學院，行政隸屬于黑龍江省農墾總局。

學院前身是黑龍江農墾經濟學校和黑龍江農墾師范學校兩所中專學校，原校址在佳木斯市。黑龍江農墾經濟學校成立于1981年，校址在佳木斯；黑龍江農墾師范學校成立于1977年（原名為牡丹江農墾師范學校），原校址在虎林市，1994年師范學校由虎林市搬遷至佳木斯市，更名為黑龍江農墾師范學院。2000年7月，農墾總局從“科教興墾”的戰略全局出發，決定將農墾經濟學校和農墾師范學校合并，組建黑龍江農墾職業學院。2000年10月申辦工作正式啟動，2001年1月6日通過專家評審組評估，2001年3月8日經黑龍江省人民政府批準，教育部備案，黑龍江農墾職業學院伴隨著新世紀的鐘聲正式成立 。

兩校合并成立黑龍江農墾職業學院后，為使學院更快發展，經省政府批準，于2003年8月學院由佳木斯市整體搬遷至哈爾濱市江北大學城。2004年1月1日黑龍江農墾衛生學校并入黑龍江農墾職業學院。黑龍江農墾衛生學校是1959年成立的中專學校，原校址在密山市裴德鎮，2004年10月份從裴德鎮搬遷至現校區。

組建學院以來，學院在辦學指導思想、學院發展定位、辦學思路、辦學理念等方面不斷轉變、創新、提升，使辦學條件全面改善，辦學規模穩步擴大，學院人才培養質量、管理水平、社會服務能力和辦學效益顯著提高，實現了跨越式發展。2006年學院獲教育部高職高專人才培養工作水平評估優秀院校的稱號。