國家重點實驗室：

河口海岸學國家重點實驗室

精密光譜科學與技術國家重點實驗室

國家野外科學觀測研究站：

浙江天童森林生態系統國家野外科學觀測研究站

教育部重點實驗室：

腦功能基因組學教育部重點實驗室

地理信息科學教育部重點實驗室

極化材料與器件教育部重點實驗室（籌）

言語聽覺科學教育部重點實驗室（籌）

教育部工程研究中心：

納光電集成與先進裝備教育部工程研究中心(籌）

軟硬件協同設計技術與應用教育部工程研究中心（籌）

上海市重點實驗室：

上海市腦功能基因組學重點實驗室

上海市綠色化學與化工過程綠色化重點實驗室

上海市城市化生態過程與生態恢復重點實驗室

上海市磁共振重點實驗室

上海市高可信計算重點實驗室（籌）

上海市工程技術研究中心：

上海分子治療與新藥創制工程技術研究中心

教育部人文社會科學重點研究基地：

課程與教學研究所

中國現代思想文化研究所

俄羅斯研究中心

中國文字研究與應用中心

基礎教育改革與發展研究所

中國現代城市研究中心