河套學院的前身是1985年創建的河套大學，由自治區人民政府批準成立并經教育部備案。著名經濟學教授陳良璧先生為首任校長。學校的創建得到了黨和國家領導人的親切關懷，1986年時任國家副主席烏蘭夫同志為學校題寫校名。1996年全國人大常委會副委員長程思遠同志蒞臨學?？疾熘笇Чぷ?。學校初創時期舉步維艱，財力匱乏、校舍簡陋、師資不足。在創建過程中得到了各級政府、社會各界人士和巴彥淖爾人民的大力支持和資助。

進入新世紀學校經歷了兩次教育資源優化整合。2001年原巴彥淖爾盟教育學院、巴彥淖爾盟師范學校（前身為1943年傅作義將軍創辦的綏遠省立陜壩師范學校）并入河套大學。2004年原內蒙古廣播電視大學巴彥淖爾盟分校、巴彥淖爾盟財貿職工中等專業學校、巴彥淖爾盟衛生學校、巴彥淖爾盟農牧業中等專業學校、內蒙古臨河水利學校并入河套大學。

2012年河套大學經教育部批準升格為普通本科院校，更名為河套學院，實行內蒙古自治區和巴彥淖爾市兩級管理體制，以自治區管理為主。升本的同時，巴彥淖爾市委、政府提出舉全市之力辦好河套學院，在財力十分困難的情況下，投資10.28億元在黃河之濱建設新校區（雙河校區），2018年底建成并投入使用，辦學條件發生根本性變化。2016年學院獲得學士學位授予權，同年被自治區人民政府批準為整體轉型試點院校。2020年學院順利通過教育部本科教學工作合格評估，學院的發展邁向了新階段。