1965年6月，創建“保山半農半讀衛生學校”，校址在保山城西南郊小梨園現址。

1966年5月，改為“保山專區衛生學校”。

1972年3月，保山滇西干部療養所撤銷，房屋資產及所有人員歸并入衛生學校，學校由小梨園遷至該所，地址位于保山城西太保山腳，小梨園原校址留作學校生產基地。同年7月，成立保山地區衛生學校革命委員會。

1978年11月，校名確定為云南省保山衛生學校。

1981年，保山地委決定在衛校校址成立保山地區中醫院，衛生學校遷往小梨園原址辦學，并重新在小梨園擴建校園。

1981年8月，經中共保山地委決定，保山衛生學校定為縣處級單位，仍隸屬于保山行署衛生局主管。

2003年9月，學校開始涉外招收留學生班。

2006年2月，國家教育部根據有關法律以及全國高校設置評議委員會的評議結果，同意在保山衛生學校的基礎上建立保山中醫藥高等?？茖W校。

2012年，大理州中醫醫院成為學校大理（非直屬）附屬醫院。

2015年3月，學校成為云南省特色骨干高等職業院校建設計劃院校。

2015年7月，學校加入“中醫藥保健服務國家標準研發及專業人才培訓基地”聯盟。