學校前身是創建于1965年6月16日的廣東省中藥材學校，校址在廣州市塞壩口；1974年3月遷址至漿欄路并更名為廣東省商業技校第一分校；1979年9月改為廣東省醫藥技工學校；1983年成立廣東省醫藥職工中專學校，與廣東省醫藥技工學校一起辦學；1984年遷址至廣州市天河區龍洞，1986年3月成立廣東省醫藥學校。1999年學校開始承擔高等教育，2002年經廣東省人民政府批準，升格為高等職業院校；2003年5月經教育部備案，正式升格為廣東化工制藥職業技術學院；2007年5月經教育部備案更名為廣東食品藥品職業學院。2008年7月，學校以優秀成績通過教育部高等職業院校人才培養工作評估；2008年11月被評為廣東省依法治校示范校；獲得“廣東省高校心理健康教育與咨詢工作先進集體”稱號；2016年11月經省教育廳、省財政廳確定成為廣東省一流高職院校建設計劃立項建設單位；2017年獲“廣東省五一勞動獎狀”、“廣東省文明校園”稱號；2018年12月，學校通過評審成為廣東省示范性高等職業院校；2019年7月，學校被教育部認定為優質?？聘叩嚷殬I院校；2019年10月，學校通過教育部立項成為“中國特色高水平高職學校和專業建設計劃”單位，2019年通過“教育部現代學徒制第二批試點單位”驗收。