1997年

5月，經福建省教委批準，更名為“民辦廈門華廈學院”。

12月，自籌自建的曾厝垵校區正式投入使用。

1998年

11月，第二屆董事會成立，蔡望懷連任董事長。

2001年

3月，經福建省人民政府批準、教育部備案，成為國家計劃內統招的高等職業院校，并更名為“廈門華廈職業學院”。

2002年

3月，鄭學檬教授（廈門大學原常務副校長）任第二任校長，提出“兩個轉變”和“兩個開拓”，即從知識型人才培養模式向技能型人才培養模式轉變，從課堂教學模式向實驗實訓教學模式轉變；開拓和企業合作之路，開拓和海外院校合作之路。

2003年

4月，經廈門市委教育工委批準，建立“中共廈門華廈職業學院總支部委員會”。

12月，第三屆董事會成立，蔡望懷連任董事長。

2007年

8月，經廈門市委組織部批準，建立“中共廈門華廈職業學院委員會”。經省、市委組織部同意，省、市委教育工委分別選派顏章炮任黨委書記、林英杰任黨委副書記。

10月，通過教育部高職高專人才培養工作水平評估。

2008年

8月，集美校區正式投入使用。

2010年

5月，王小如教授（廈門大學原副校長）任第三任校長，提出多元化辦學理念，即多層次辦學模式、國際化開放辦學、“綠色華廈”發展戰略。

12月，納入國家“非營利民辦高校辦學制度”教育體制改革項目試點院校。

2011年

6月，首次為順利完成高職教育且達到一定專業學識和應用能力水平的高職畢業生授予“專業副學士”稱號。

11月，第四屆董事會成立，吳鳳章（廈門市委原副書記）任董事長。

2012年

7月，福建省人民政府將學校列入福建省“十二五”高等學校（本科）設置規劃。

2013年

2月，經廈門市委組織部同意，廈門市委教育工委選派黃揚任學校黨委書記。

4月，廈門市科技局依托學校建設的“廈門市應用技術研究院”正式揭牌。

12月，成為“全國非營利性民辦高等學校聯盟”首批57個成員之一。

2014年

5月，教育部同意在廈門華廈職業學院基礎上籌建廈門華廈學院，籌建期限為一年。

2015年

4月，教育部同意在廈門華廈職業學院基礎上建立廈門華廈學院，系本科層次的民辦普通高校，主要培養區域經濟社會發展所需要的應用型、技術技能型人才。